Бацька пісьменніка быў генералам чэшскай арміі. Маці памерла, калі хлопчыку споўнілася 13 гадоў. Дзяцінства яго прайшло ў Празе. У 1947 годзе будучы пісьменнік кінуў школу і пачаў весці багемны лад жыцця, не маючы пастаяннага месца працы. Спрабаваў сябе ў жабраванні і кантрабандзе, за што быў некалькі разоў затрыманы і арыштаваны.
З 1957 па 1961 ён вывучаў філасофію і псіхалогію ў Карлавым універсітэце ў Празе. З 1960-х Бонды – знакавая фігура Пражскага андэграўнду, аўтар тэкстаў песняў для культавага чэшскага гурта The Plastic People of the Universe. Яго нонканфармісцкія погляды прывялі да канфлікту пісьменніка з камуністычнымі ўладамі тагачаснай Чэхаславакіі
Бонды заўжды цікавіўся вучэннем Карла Маркса і крытыкай як сучаснага капіталізму, так і таталітарнага сацыялізму. Яго філасофскія творы закраналі пытанні анталогіі і этыкі, але праз палітычны ўціск выходзілі толькі самвыдатам да самага 1989 году, у які паў камуністычны рэжым у Чэхаславакіі.
Усяго Эгану Бонды належыць каля трыццаці кніг паэзіі, дваццаці раманаў, асноўная тэма якіх – грамадства ці чалавек падчас крызісу. Але сам Бонды найбольш цаніў свае філасофскія творы.
У 1993 годзе на знак пратэсту супраць падзелу Чэхаславакіі разам са сваёй жонкай Юляй пісьменнік пераехаў у славацкую Братыславу і прыняў славацкае грамадзянства. Ён выкладаў філасофію і гісторыю ў мясцовым універсітэце імя Яна Амоса Каменскага. Вядомы як праціўнік спажывецтва, дома Бонды не меў ні тэлефона, ні тэлевізара. У 2004 годзе выявілася, што ён супрацоўнічаў са спецслужбамі.
Цягам 30 гадоў Бонды пакутаваў на рак кішэчніка. Але памёр ад апёкаў, калі заснуў з цыгарэтай, ад якой загарэлася яго піжама.
